pardon ama sorun nerede ? .htaccess elbette sshla görünür ve permissionlarınız izin veriyorsa tabi ki.. kaldı ki .htaccess in sshtan gorunmesi de birşey ifade etmez, .htaccess dosyasının içi sonuç veren şeylerle degilde "yönlendirme uygulama" adına karar veren mekanizmalarla alakalıdır.
ls -al dediginizde . lı dosyaları görüyor olmanız sshı ne derece ve nasıl kullandıgınızla alakalıdır..
birşey degildir yani. sorun şu, ftp hesabınızın oldugu server size ssh izni veriyor mu? veriyorsa zaten sizindir .htaccess
vermiyorsa zaten göremezsiniz.